Theo đó, trong phạm vi nhiệm vụ, quyền hạn của mình, thủ trưởng cơ quan hành chính Nhà nước có trách nhiệm tổ chức, chỉ đạo, hướng dẫn, kiểm tra, đôn đốc cơ quan thanh tra và các cơ quan thuộc thẩm quyền quản lý của mình trong công tác thanh tra; giải quyết khó khăn, vướng mắc, xử lý kịp thời kiến nghị về thanh tra và chỉ đạo, tổ chức thực hiện kết luận thanh tra theo quy định của pháp luật.
Người ra quyết định thanh tra có trách nhiệm tổ chức, chỉ đạo đoàn thanh tra, bảo đảm nguyên tắc của hoạt động thanh tra, bảo đảm cuộc thanh tra được thực hiện đúng pháp luật, đúng mục đích, yêu cầu; giải quyết kịp thời các phản ánh, kiến nghị của đoàn thanh tra; các khiếu nại, phản ánh, kiến nghị, tố cáo liên quan đến hoạt động của đoàn thanh tra.